En el nivel más alto se encuentra el Comité Directivo con representantes de todas las Universidades miembro; por la UNSAM participa Lucas Christel. Ese Comité, a su vez, elige a una Junta Directiva, que es la cara visible y la que centraliza las decisiones sobre la planificación anual. La Junta Directiva nomina a la Gerencia, que se localiza en la Sede Central (Guadalajara) y que es la responsable por la ejecución de las definiciones tomadas. El Comité Directivo y la Junta Directiva proponen a miembros de la comunidad científica de universidades que no son parte de CALAS para la conformación del Consejo Científico, a fin de que asesore a ambos órganos en la planificación e implementación de proyectos. Examina las propuestas e iniciativas, los programas de trabajo, los grupos de investigación de los Centros Regionales, así como a los Fellows, y el rechazo de propuestas y/o toma de decisiones, etc.
A nivel de los Centros o Sedes Regionales, existe, por un lado, el Comité Académico y, por el otro, la Dirección de la Sede y su equipo de trabajo. El Consejo Académico asesora a la Dirección de la Sede en la planificación y ejecución de las iniciativas locales. La Dirección y su equipo están compuestos por miembros de las dos universidades responsables de la Sede.