Una fortaleza de las actividades de I+D de la UNSAM es que en su mismo origen (1994) nace vinculada territorialmente a varias de las principales instituciones públicas de I+D: la Comisión Nacional de Energía Atómica –institución con la que comparte un instituto de materiales y otro, incipiente, de tecnología nuclear–, el Instituto Nacional de Tecnología Industrial –con el que comparte un instituto de calidad industrial–, el Centro de Investigaciones Científicas y Técnicas para la Defensa y el Servicio Geológico Minero Argentino. Desde 1997, prácticamente su inicio, la UNSAM integra el Polo Tecnológico Constituyentes, al cual finalmente se sumó el Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria.
En 2010 se inauguró en el campus de la UNSAM una Sala Limpia para la caracterización de microdispositivos. Este laboratorio, financiado por la Comisión Nacional de Actividades Espaciales (CONAE), inició una línea de cooperación con el objetivo de agregar nuevas líneas de desarrollo de tecnología UNSAM-CONAE: (i) de baterías de litio para satélites; (ii) transistores de radiofrecuencia y (iii) materiales de fibras de carbono.
La UNSAM desarrolló además un programa de investigación en Ciencias Humanas y Sociales que la ubicó entre las primeras en publicaciones por investigador. Las Escuelas de Humanidades y Política y Gobierno y el Instituto de Altos Estudios Sociales cuentan con algunos de los investigadores más destacados el país.