La UNSAM se posicionó fuertemente en el terreno de la investigación, la innovación y la transferencia. De acuerdo con el Scimago Institutions Rankings (SIR) –una de las más prestigiosas herramientas de análisis y evaluación de la actividad investigadora en las Instituciones de Educación Superior en Iberoamérica-, la UNSAM se ubica en el decimotercer lugar entre las 104 universidades públicas y privadas argentinas en producción científica total. Pero este número depende de la cantidad de investigadores. Si se mide por investigador, la UNSAM ocupa el tercer lugar entre las universidades argentinas que publican en el 25% de las revistas más citadas (puesto que comparte con otras cuatro) y el segundo entre las que tienen el 10% de los trabajos más citados. Esto muestra claramente que la concentración de talento en investigación fue una de las líneas de conducción que la Universidad siguió a lo largo de los años.
La Universidad supo adaptarse a los cambios en las políticas de financiamiento que se dieron en los últimos años, a partir de la creación del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva en 2007. Diseñó políticas para alentar la investigación, motivada por la curiosidad y evaluada en base a mérito, hacia proyectos de mayor envergadura en términos de financiamiento, con la exigencia adicional de formar sociedades con empresas privadas e instituciones públicas de I+D y realizar estudios de mercado como parte de su evaluación de factibilidad.